Akupunktur tedavisini eğer yeterince dikkatli ve steril bir yerde yaptırmıyorsanız vücutta ağrı ve enfeksiyon gibi etkilerle karşılaşabilirsiniz. Bazı durumlarda hastaların tedavi sırasında hareket etmeleri de iğnenin yanlış kullanımına neden olabilmektedir. Tedavinin kendisinden kaynaklanan yan etkilerde ise genellikle yorgunluk, uyuklama, baş dönmesi, sersemlik gibi kısa vadede iyileşme gösterilen etkiler gözlemlenmektedir.